Trước đó, ông trở bệnh nặng vào ngày 27/5 vì suy tim, viêm phổi nặng, thận hư. Ông bị suy hô hấp khiến không thể tự thở và tim bị rối loạn nhịp chậm. Giáo sư được các bác sĩ đặt nội khí quản cho thở máy và tiến hành đặt máy tạo nhịp tim từ khoảng một tháng nay.

Theo đúng bản di nguyện do Giáo sư lập ra vào ngày 5/6, thi hài ông được quàn tại tư gia đường Huỳnh Đình Hai, Bình Thạnh. Tang lễ của ông cũng diễn ra ở ngôi nhà này.

Theo di nguyện của Giáo sư, khi ông qua đời, con trai trưởng của ông là Giáo sư Trần Quang Hải sẽ là chủ tang. Tuy vậy, do Giáo sư Hải đang ở Pháp, chưa trở về kịp, một tiểu ban tang lễ được lập ra gồm những người thân thiết của ông như: nhà văn - nhà báo Nguyễn Đắc Xuân, ông Trần Bá Thùy (chồng của nữ thi sĩ Tôn Nữ Hỷ Khương)... Ngoài ra, có các thành viên trong gia đình, môn sinh và bạn bè cùng chung lo hậu sự cho giáo sư.

Từ tháng tư, cảm nhận về việc mình sắp ra đi, Giáo sư Khê liên lạc với bạn bè thân thiết, trong đó có nhà văn - nhà báo Nguyễn Đắc Xuân ở Huế để gửi gắm về việc lo giúp mình hậu sự. Ngay khi nghe tin Trần Văn Khê nhập viện nguy kịch, ông Nguyễn Đắc Xuân bay từ Huế vào TP HCM và sát cánh bên gia đình giáo sư đến ngày ông mất.

Từ ngày 9/6, khi hay tin cha đang hấp hối, Giáo sư Trần Quang Hải cũng từ bay Pháp về Việt Nam. Trong giai đoạn này, sức khỏe Giáo sư Khê nhiều lúc rơi vào nguy kịch khiến gia đình, người thân lo lắng. Ban tang lễ dự kiến được lập ra từ lúc này để Giáo sư Hải kịp họp bàn chuyện hậu sự cho cha.

Trong một tháng nằm viện, có lúc tưởng như Giáo sư Khê có dấu hiệu hồi tỉnh khi sau nhiều ngày hôn mê. Ngày 18/6, ông mở mắt nhìn con trai và có phản ứng tỏ vẻ hiểu khi nghe trò chuyện. Ngày 21/6, do bận việc, Giáo sư Hải bay về Pháp. Tuy vậy, chỉ ba ngày sau, Giáo sư Trần Văn Khê tiếp tục rơi vào hôn mê và không vượt qua được thử thách về sức khỏe lần này. Ông mất khi chỉ còn đúng một tháng nữa là ngày sinh nhật mừng thọ 94 tuổi. Giáo sư Khê sinh ngày 24/7/1921.

Giáo sư muốn tang lễ thực hiện theo nghi thức Phật giáo. Thượng tọa Thích Lệ Trang là người chủ tế cho các nghi thức. Sau thời gian quàn tại tư gia để bạn bè, môn sinh và khán giả đến tưởng nhớ ông lần cuối, Giáo sư Trần Văn Khê sẽ được hỏa táng. Di nguyện, tro cốt của Giáo sư được đặt dưới bàn thờ ông bà ở tư gia đường Huỳnh Đình Hai. "Nếu vì một lý do gì không cho để hũ tro ở tư gia của tôi được thì các con tôi cùng ban tang lễ quyết định nơi nào lưu trữ thuận tiện nhất", Giáo sư bày tỏ mong ước cuối đời.

Tại tang lễ, sẽ có một ban nhạc đờn ca tài tử gồm những người bạn thân và môn sinh của ông hòa tấu một buổi đặc biệt. Về khoản tiền phúng điếu cho tang lễ, giáo sư bày tỏ mong muốn dùng số tiền này lập một quỹ học bổng hoặc giải thưởng mang tên ông để hàng năm trao cho người được giải về nghiên cứu âm nhạc truyền thống Việt Nam.

GS-TS Trần Văn Khê là cây đại thụ của nền âm nhạc Việt Nam và thế giới. Ông sinh năm 1921 tại làng Vĩnh Kim, tỉnh Mỹ Tho (nay là tỉnh Tiền Giang). 6 tuổi ông đã biết chơi đàn kìm, 8 tuổi biết chơi đàn cò, 12 tuổi biết đàn tranh, đánh trống nhạc.

Sau khi sang Pháp du học (năm 1949), ông là người Việt Nam đầu tiên đậu tiến sĩ khoa Âm nhạc học vào năm 1958, với luận án Âm nhạc truyền thống Việt Nam. Ông nguyên là giáo sư Trường đại học Sorbonne (Pháp), thành viên danh dự Hội đồng quốc tế âm nhạc - UNESCO.

Trở về nước vào năm 2006, GS-TS Trần Văn Khê được cấp cho căn nhà tại số 32 Huỳnh Đình Hai (quận Bình Thạnh, TP.HCM). Đây cũng trở thành nơi để giáo sư tổ chức các buổi sinh hoạt về âm nhạc dân tộc.

Những năm gần đây, mặc dù đã bước vào tuổi "xưa nay hiếm", phải di chuyển bằng xe lăn nhưng tâm huyết mà GS-TS Trần Văn Khê dành cho âm nhạc dân tộc vẫn không thay đổi. Dù tuổi cao, sức yếu nhưng ông vẫn thỉnh thoảng xuất hiện trong những chương trình hay những buổi nói chuyện về âm nhạc dân tộc. Buổi chia sẻ gần nhất của ông là vào ngày 25.5, trước khi giáo sư ngã bệnh.

Theo chia sẻ từ một số người thân thiết, mặc dù ở tuổi 94, mắt kém nhưng ông vẫn không ngừng làm việc với tâm niệm hệ thống hóa lại kho tư liệu về âm nhạc dân tộc cho thế hệ sau.

Giáo sư cũng là người sống nghĩa tình. Ông sống gần gũi với những người chăm sóc ông suốt nhiều năm qua. Ông còn là người thầy đáng kính của nhiều thế hệ học trò. Khi ông ngã bệnh, nhìn cách săn sóc hết lòng của những người thân thiết, sự lo lắng của các người học trò cũ hay những cuộc hỏi thăm liên tục về bệnh tình giáo sư cũng nói lên được phần nào tình cảm của mọi người dành cho cây đại thụ của nền âm nhạc dân tộc.

Giáo sư Trần Văn Khê đã nhận nhiều giải thưởng quốc tế về đĩa hát và hoạt động nghiên cứu, quảng bá âm nhạc dân tộc. Các giải thưởng ông đạt được:

- Năm 1949: Giải thưởng nhạc cụ dân tộc tại Liên hoan Thanh niên Budapest.

- Năm 1975: Tiến sĩ âm nhạc danh dự (Docteur en musique, honoris causa) của Đại học Ottawa (Canada).

- Năm 1981: Giải thưởng âm nhạc của UNESCO ở Hội đồng Quốc tế Âm nhạc (Prix UNESCO - CIM de la Musique).

- Năm 1991: Huy chương về Nghệ thuật và Văn chương của Bộ Văn hóa Pháp (Officier de l'Ordre des Arts et des Lettres, Ministère de la Culture et de l'Information du Gouvernement français).

- Năm 1993: được cử vào Hàn lâm viện châu Âu về Khoa học, Văn chương, Nghệ thuật; viện sĩ thông tấn.

- Năm 1995: Giải thưởng quốc tế về Dân tộc nhạc học KOIZUMI Fumio (Nhật).

- Năm 1998: Huy chương Vì Văn hóa Dân tộc của Bộ Văn hóa Việt Nam.

- Năm 1999: Huân chương Lao động hạng nhất do Chủ tịch Trần Đức Lương trao. Cũng trong năm này ông được Đại học Moncton (Canada) trao bằng Tiến sĩ danh dự nhờ học vị và công trình nghiên cứu về âm nhạc học.

- Năm 2011: Giáo sư Khê được trao giải thưởng "Thành tựu trọn đời trong âm nhạc" do Ủy ban kết nghĩa Việt - Mỹ của hai thành phố San Francisco và TP HCM trao tặng. Cùng năm này ông được trao Giải thưởng Phan Châu Trinh về nghiên cứu.

- Năm 2005: Giải thưởng Đào Tấn do Trung tâm Nghiên cứu bảo tồn và phát huy văn hóa dân tộc trao tặng.

- Năm 2013: Ủy ban Nhân Dân TP HCM trao tặng Huy hiệu TP HCM cho Giáo sư Khê.

Ông là thành viên danh dự suốt đời của hội đồng Quốc tế âm nhạc thuộc UNESCO.